一、农产品收购、销售发票的抵扣
计算公式为：进项税额=买价×扣除率
根据财政部 国家税务总局《关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知》(财税〔2012〕38号)文相关规定：
1、投入产出法：当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率/(1+扣除率)
2、成本法：当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率/(1+扣除率)
二、转让不动产时差额缴纳增值税的，取合法凭证后可进行差额扣除
三、海关进口增值税专用缴款书的抵扣
国家税务总局 海关总署《关于实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法有关问题的公告》(国家税务总局 海关总署公告2013年第31号)文相关规定：
增值税一般纳税人进口货物取得的属于增值税扣税范围的海关缴款书，经税务机关稽核比对相符后，其增值税额作为进项税额在销项税额中抵扣。
四、公路通行费发票的抵扣
高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷(1+3%)×3%
一级公路、二级公路、桥、闸通行费可抵扣进项税额=一级公路、二级公路、桥、闸通行费发票上注明的金额÷(1+5%)×5%
五、完税凭证的抵扣
根据财政部 国家税务总局《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》财税〔2016〕36号附件二《营业税改征增值税试点有关事项的规定》：
一般纳税人从境外单位或者个人购进服务、无形资产或者不动产，按照规定应当扣缴增值税的，准予从销项税额中抵扣的进项税额为自税务机关或者扣缴义务人取得的解缴税款的完税凭证上注明的增值税额。
六、“专用发票”不得抵扣的情况
根据财政部 国家税务总局《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》财税(2016)36号附件一《营业税改征增值税试点实施办法》第二十七条规定下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产。其中涉及的固定资产、无形资产、不动产，仅指专用于上述项目的固定资产、无形资产(不包括其他权益性无形资产)、不动产。
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