在取得增值税进项专用发票后，应在90天内认证，认证后的进项发票方可抵扣。报税流程，现在一般都是在网上申报。但需要把报税资料送到税务局：
1、税务局一般每月初（1 ~10日）为抄税期。抄税很简单，现在都是税控机开票，将金税卡插到与税控机连接的电脑上，打开开票软件点击抄税就可以。
2、 将进项税发票和销售发票清单打印出来。进项税发票是从认证已经 通过时打印，销售发票清单是从税控机中打印。
3、根据打印清单填写各种报表，同时要有申报月份的财务报表。
二、开具增值税专用发票
(一)、系统设置
1、初始化禁做，第一次安装时使用。
2、税务信息，名字和税号不能修改，银行账号，输入一个号码后输第二个时需回车。
3、商品只能先录入商品编号后选入，客户编码可直接输入也可选入;商品税目(需有)，简码(可有可无);单价应在开具发票时直接输入;地址电话银行账户，输入时需从编辑器中输入;保存时点左上角退出，不点右上角的差号。
(二)、发票管理
1、发票领用：购买(带IC卡)-读入开票系统(买错发票需退回IC卡发票号)。注意：购买时需持报表和IC卡等(国税局决定);读入时若失败，原因：未插IC卡;IC卡中无领购的发票;发票流水号已经读走(点发票填开，看有没有发票);金税卡已到锁死期。
2、发票退回：只有因国税局错买了发票才能使用此项。
3、开具发票：确认发票代码和号码;金税卡日期如错误，应携带IC卡到国税局授权修改;商品信息中注意含不含税;一张发票只能一种税率，只能开八行商品;开完发票，打印即保存了;销方信息：银行账号可多个。
4、发票修复：发票修复后，所有发票无法打印(从金税卡到硬盘)。
发票查询：发票开具管理
a、查询打印时，点第一窗口的打印。
b、某某省清单打印选套打。
c、发票复制：选中行——选项。 注意：复制过来的商品可修改。
5、a、开具带销货清单的发票：如果商品行多于八行，需开清单;先确认含不含税;只能在清单上写商品，发票上不写商品;清单一张可打十二行。
b、开局带折扣的专用发票 ：
01. 带清单：清单中的每行都可加折扣或多行统一折扣;但发票上只显示一行折扣栏(不管是不是同种折扣)。
02.不带清单：选中商品行、点折扣，其折扣行数是指选中行及上面几行;折扣行只能删除不能修改;商品行与折扣行之间不许加入信息，折扣行算一行;每行或多行商品可加折扣，但总金额不可加折扣。
c、开具负数发票：商品与客户都不用填写，且有退回之正数发票;隔月发票需冲红。冲一部分的，需对方国税局退货证明，用减号重新输入(单位为正)，找不到明细，需手工输入，需保存点打印按钮。
d、作废专用发票：
01. 当月发票可以作废，隔月的需冲红。
02. 谁开谁作废。
03. 点击作废按钮。
04.已报税的发票不能作废只能冲红。
(三)、抄税报税：
每月1号至10号，超期罚款。(需持IC卡和报表)。
1、抄税流程:
01. 抄税写IC卡。(大约一分钟，每月一号不能开票需抄税。)
02. 销项报表打印。
03.持IC卡和报表到大厅报税。
注意：IC卡内必须无报税信息，若有先报税，后抄税;若抄税时IC卡上有新购发票，可同时读入发票。
2、打报表(每月一次)。即第三模块/标题栏(第三条)-发票资料查询打印-或-发票资料 。
3、报表类：发票资料统计;月度统计即月汇总表(增值税销售情况);工具栏发票资料统计年度统计即年汇总表。发票资料统计----领用存表。
4、金税卡管理---状态查询：最大限额十万;抄税起始日变下一个月。
以上就是增值税发票抵扣流程，由此我们可以看到，只有增值税专用发票才可以进行抵扣，而能否抵扣取决于我们是一般纳税人还是普通纳税人。增值税专用发票抵扣大致分为系统设置、发票管理、纳税报税三项开具流程和抵扣环节。需要注意的是，只有打印的增值税发票才具有效力。
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