首先，3%税率主要适用于小规模纳税人提供的交通运输服务。根据中国税法，小规模纳税人是指年销售额低于规定标准，并且会计核算不健全的增值税纳税人。这类纳税人按照简易办法依照3%的征收率计算缴纳增值税。因此，在这种情况下，运输服务的发票税率是3%。
其次，9%税率适用于一般纳税人提供的交通运输服务。一般纳税人是指年销售额超过规定标准，并且会计核算健全的增值税纳税人。他们按照法定的税率计算缴纳增值税。因此，在这种情况下，运输服务的发票税率是9%。
总的来说，3%和9%的税率区别主要在于提供运输服务的纳税人类型和相应的税收政策。3%税率适用于小规模纳税人，而9%税率适用于一般纳税人。纳税人类型决定了其适用的税率，从而影响运输服务的发票税率。
为了更好地理解这种区别，可以考虑以下情况：
假设A公司是一家小规模纳税人，年销售额低于规定标准，会计核算不健全。因此，A公司提供的运输服务按照3%的税率计算缴纳增值税。而B公司是一家一般纳税人，年销售额超过规定标准，会计核算健全。因此，B公司提供的运输服务按照9%的税率计算缴纳增值税。
综上所述，3%和9%的税率区别在于纳税人类型以及相应的税收政策。对于小规模纳税人，适用3%的税率；对于一般纳税人，适用9%的税率。这种税率的差异使得运输服务的发票税率能够准确反映纳税人的实际情况。
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